HAD14.40をアップしました。HADについてはこちらの記事を参照してください。
今回のバージョンアップは,HAD2glmmstanという新機能です。
これは,R上でGLMMをベイズ推定するためのパッケージ,glmmstan用のコードを自動生成するものです。
もともとglmmstanもrstanのラッパーパッケージなので二重のラップ機能になります。
glmmstanパッケージについてはこちらの記事を参照してください。
HAD2glmmstanでは,モデルで指定した変数が含まれるデータセットをcsvファイルで作成し,それをR上で読み込んで実行するようになっています。最初にファイルを置く場所を指定する必要がありますが,フルパスで読み込むのでワーキングディレクトリの設定などはいりません。欠損値も自動でNAに変換して読み込みます。
また,glmmstanのインストール用コードも生成することができるので,Rさえインストールしてもらえれば,すぐにベイズ推定が可能になります。
HAD2glmmstanの使い方は後日またアップします。
その他,以下の修正を行いました。
・一般化線形モデルの二項分布を用いた分析で総生起数に欠損値が含まれていると推定が上手くいかない不具合を修正しました。
・一般化線形モデルで,オプションの連続変量のところで対数正規分布を指定していると,他の一般化線形モデルでも従属変数が対数変換されてしまう不具合を修正しました。