Stan楽しんでますか。
僕も楽しもうと思ってrstan2.10.1を入れたんですが，動かない・・・
山大の小杉さんのブログを見ていて，「Winヤバイんだろうな・・・大丈夫かな・・・」と思っていたら，案の定ハマりました。今はだいたい見当つきましたが，根本的な原因はよくわかりません。対処法だけお伝えしておきます。
まず，Rのバージョンによってもどうも反応が違うのと，Windowsの設定によっても多分違います。なのでこういうエラーが出たらこうする，という対処しかかけません。PCそれほど強くなくて・・・
この記事の前提
・Windows7，64bit
・rstan2.10.1がインストールできている
RとRtoolsのバージョン
Rは2016年7月18日現在，3.3.1が最新です。これに対応するRtoolsのバージョンは34ですが，rstanは34に上手く対応してません。一応エラー回避策もあるようですが，面倒ならR3.2.5で，Rtools33でやるほうがうまくいくっぽいです。RstudioならToolsのGlobal optionから，前のバージョンのRを起動することができます。
一応，3.3.1＋Rtools33でも動きます。でもなんか警告がめっちゃでたりする（これもバージョンとかWinの設定によるのかも）ので，僕はRのバージョンを下げました。
また，Rtools34でもインストール場所を指定することで動くようにもなるそうです。@berobero11さんに教わりました。
@simizu706 @kosugitti Rtools34でもいいですか？Rtools34のインストールの場所はデフォルト（C:\Rtools）ならインストール途中のPATHの追加を選んで、2行目のC:\Rtools\mingw_64\binに変更します。
— Matsuura Kentaro (@berobero11) 2016年7月15日
コンパイルが上手くいっているかを確認
rstanのページに次のコードが走ればC++のコンパイル自体は上手くいってるよ，とのこと。
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fx <- inline::cxxfunction( signature(x = "integer", y = "numeric" ) , ' return ScalarReal( INTEGER(x)[0] * REAL(y)[0] ) ; ' ) fx( 2L, 5 ) # should be 10 |
これで10が出力されたらOK！
10が出ない場合はエラーを見ていく。
エラーパターン1
g++.exe: error: Files/R/R-3.2.2/library/StanHeaders/libs/x64: No such file or directory
原因はわからないけど，パスにスペースが入ってる(Program Filesの間のスペース）ことが悪さしているよう。というわけで，Rを新しくインストールし，そのときにCの直下に（つまりC:\Rに）インストールしましょう。そうすれば，パスにスペースが入らない。
でもこれ，どのPCでも出るエラーじゃないみたいで，謎です。Winの設定の違いなのか・・・ 環境変数のPATHはどっちのPCでも同じにしてあるので，そこは関係ないみたいです。
エラーパターン2
cc1plus.exe: error: unrecognized command line option '-ffat-lto-objects'
これは，Makevarsというファイルがどうも悪さをしているらしい。ユーザーの中のマイドキュメントに.Rというフォルダがあって，そこにMakevarsというファイルがあると思うので，そのファイル名を適当に変える（つまり，アクセスできなくする）。それでも動くらしいので，それで解決。
この件は，Twitterで教えてもらいました。感謝です。
@simizu706 失礼します。同エラーに当たりました。32bit版Rは，下記エラー報告内https://t.co/p9i0C9TT4p
のBenさんの返信内容に従いMakevarsファイル（ファイルの場所も上記リンク内にあります）を編集することで解決いたしました。— せう (@shikataaki) 2016年7月17日
@simizu706 64bit版Rはそれでも失敗するので，Makevarsファイル名の頭に0をつけ，そもそも読み込ませないようにすることで解決いたしました。こちらは32bit版Rでも通用します。差し当たり問題は起きていませんが，今後ファイルがないことの影響はあるかもしれません。
— せう (@shikataaki) 2016年7月17日
無事解決
以上で，僕は無事rstan2.10.1が動くようになりました。上の二つのエラーは独立したもののようで，僕は両方対処しないとメインPCは動きませんでしたが，ノートPCのほうは同じWin7の64bitにも関わらず，両方ともエラーは出ませんでした。そもそも.RフォルダのMakevarsファイルがノートPCのほうには見当たらないので，別のところにあるのか，そもそも不要なのか，よくわかりません。Rtools34を一度インストールしたことが原因なのかもしれません。謎です。
それでも警告はでる
上記をクリアしても，警告は出ます。でも無視して大丈夫みたいです。
C:/R/R-3.2.5/library/StanHeaders/include/stan/math/rev/core/set_zero_all_adjoints.hpp:14:17: warning: 'void stan::math::set_zero_all_adjoints()' defined but not used [-Wunused-function]
いろいろお世話になった方々へに感謝しつつ，この記事が，今後苦しむかもしれない方への助けになりますように。